ПАТ «Аграрний фонд» було створене у середині 2013 р. для виконання функцій забезпечення продовольчої безпеки України та подолання обмежень, притаманних бюджетній організації. До завдань первісного Аграрного фонду входило, зокрема, забезпечення сільгоспвиробників позиками від імені держави шляхом форвардних закупівель і формування запасів для ринкових інтервенцій із метою регулювання внутрішніх цін на продовольчі товари, що підлягають державному регулюванню (тобто хліб, борошно, цукор, сухе молоко та масло). Проте обидва фонди наразі існують паралельно, оскільки українське законодавство забороняє передачу деяких із вищезгаданих функцій акціонерному товариству.
ПАТ “Аграрний фонд” працює через два дочірні підприємства: “Агрофонд-зерно” (зберігання державного зерна, ринкові інтервенції та виробництво борошна) та “Агрофінфонд” (фінансування інвестиційних проектів).